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引导编辑系统（Prime editor, PE）作为目前应用灵活、前景广阔的新型基因组编辑工具，可以实现植物基因组任意碱基的替换以及小片段的插入和删除，并在与位点特异性重组酶耦合时展现出高效精准大片段定点插入的潜力。由于PE在植物中的编辑效率偏低，目前虽有多项研究通过不同策略来提升植物引导编辑系统的效率，但这些改进的引导编辑器依然存在位点偏好明显、普适性较差等问题，并且大多数优化集中在水稻和玉米等...
卵母细胞和早期胚胎异常是造成女性不孕及试管婴儿反复失败的重要原因。已有研究证实，遗传因素在卵母细胞和早期胚胎异常中发挥重要作用。既往研究主要集中于大家系及近亲家系患者，且致病突变主要遗传自父母，展现为显性遗传或隐性遗传模式。然而，新发突变（De novo mutations，DNMs）在卵母细胞和早期胚胎异常中发挥怎样的作用尚不清楚。
南京农业大学农学院《Genome Biology》发表多倍体团队“Small RNAs mediate transgenerational inheritance of genome-wide trans-acting epialleles in maize”（图）
多倍体 遗传变异 植物育种
2022/3/23
杂交和回交是常用的动、植物育种手段。杂交引起的父母基因互作导致遗传和表观遗传变异，比如经典的副突变(paramutation）可以跨代遗传。但是，由表观遗传引起的跨代遗传的机理缺乏全基因组水平上的研究。2月9日，南京农业大学多倍体杂种优势研究团队在Genome Biology（IF=13.583）上发表了题为Small RNAs mediate transgenerational inherita...
南京农业大学农学院《Genome Biology》发表宋庆鑫课题组“Open chromatin interaction maps reveal functional regulatory elements and chromatin architecture variations during wheat evolution”（图）
Genome Biology 宋庆鑫 小麦多倍化 染色质
2022/9/19
2022年2月22日，南京农业大学宋庆鑫课题组在Genome Biology上发表了题为“Open chromatin interaction maps reveal functional regulatory elements and chromatin architecture variations during wheat evolution”的研究论文。该研究利用OCEAN-C技术绘制了不...
南京农业大学农学院《Genome Biology》发表吴玉峰教授课题组“N4-acetyldeoxycytosine DNA modification marks euchromatin regions in Arabidopsis thaliana”（图）
Genome Biology 吴玉峰 基因转录调控 胞嘧啶乙酰化
2022/9/19
2022年1月3日，农学院吴玉峰教授课题组在国际著名学术期刊Genome Biology在线发表了题为“N4-acetyldeoxycytosine DNA modification marks euchromatin regions in Arabidopsis thaliana”的研究论文。该研究首次在高等植物（拟南芥、水稻、玉米）和动物（人、小鼠）基因组DNA中鉴定到胞嘧啶乙酰化修饰(N4-...
扬州大学农学院杨泽峰教授课题组和江苏里下河地区农业科学研究所李爱宏课题组及中国农业科学院植物保护研究所宁约瑟课题合作在Genome Biology杂志在线发表题为“Genomic insight into balancing high yield, good quality, and blast resistance of japonica rice”的研究论文（图）
粳稻品种 基因组测序 优良品系 XY99 JXY1
2023/7/20
华中地区是粳米的主要产区之一。然而，该地区仍有数十个高产水稻品种质量低下或易感稻瘟病，严重限制了其在水稻生产中的应用。2021年10月5日，Genome Biology 杂志在线发表了来自扬州大学农学院杨泽峰课题组和江苏里下河地区农业科学研究所李爱宏课题组及中国农业科学院植物保护研究所宁约瑟课题组等合作的题为“Genomic insight into balancing high yield, g...
扬州大学园艺与植物保护学院植物病毒学实验室在《Genome Biology》发表研究论文（图）
扬州大学园艺与植物保护学院植物病毒学实验室 植物病毒学 Genome Biology
2021/6/28
2021年6月24日，我院植物病毒学实验室贺振/张坤课题组与昆虫生态与水稻害虫综合治理团队刘芳教授在 Genome Biology 发表了题为“The dynamics of N6-methyladenine RNA modification in interactions between rice and plant viruses”的研究论文。该论文揭示了在水稻与病毒互作过程中的RNA甲基化修...
无义介导的RNA降解（Nonsense-mediated decay, NMD）是真核生物一种重要的mRNA质量控制方式，细胞通过检验终止密码子与最后一个剪接接头的距离是否超过55nt来判断该终止密码子是否为提前终止密码子（Premature Termination Codon, PTC）从而决定是否降解该RNA。因此经典的NMD通路是一种RNA剪接依赖的机制。假基因是一种失去了蛋白编码能力或者表...
2021年5月10日，北京市农林科学院玉米研究所赵久然研究员团队与华中农业大学、中国农业大学等国内多家单位合作，在国际知名学术期刊Genome Biology (2020 IF=10.806)发表了题为“The genetic mechanism of heterosis utilization in maize improvement”的论文，从新的视角解析了玉米杂种优势形成的机理。
2021年5月10日，北京市农林科学院玉米中心赵久然研究员团队与华中农业大学、中国农业大学等国内多家单位合作，在国际知名学术期刊Genome Biology (2020 IF=10.806)发表了题为“The genetic mechanism of heterosis utilization in maize improvement”的论文，从新的视角解析了玉米杂种优势形成的机理。该研究以先前发...
玉米是全球第一大粮食作物。理解玉米重要农艺性状和产量性状的遗传基础，挖掘我国骨干自交系资源助力定制化育种，是一个长期目标。近日，北京市农林科学院玉米中心赵久然研究员团队与华中农业大学严建兵教授团队合作，在国际知名学术期刊Genome Biology(2019IF=14.028)发表了题为“CUBIC: an atlas of genetic architecture promises direct...
浙江大学贾俊岭实验室在Genome Biology报道新型单细胞RNA测序技术Holo-Seq揭示潜在肝癌肿瘤动力学模型（图）
浙江大学 贾俊岭 Genome Biology 单细胞RNA测序技术 Holo-Seq 潜在肝癌 肿瘤动力学模型
2018/10/22
2018年10月17日，浙江大学生命科学研究院贾俊岭团队和浙江大学第一附属医院郑敏团队在基因组学权威期刊Genome Biology杂志合作发表题为“Holo-Seq: single-cell Sequencing of holo-transcriptome”的文章。 基于单细胞cDNA扩增的单细胞RNA-Seq技术已经成为研究细胞异质性非常有力的手段，并且推动了许多发育生物学和癌症生物学的重要进...
2018年7月4日，电子科技大学生命科学与技术学院/信息生物学研究中心张勇教授团队、扬州大学张韬教授团队及美国马里兰大学Yiping Qi博士团队合作，在《Genome Biology》期刊在线发表了题为“A large-scale whole-genome sequencing analysis reveals highly specific genome editing by both Cas...
真核细胞核中的染色质通过折叠成高度复杂、动态的高级结构，调控细胞中DNA转录、复制、损伤修复等重要功能。因此，探索染色质的空间构象对了解真核细胞中的这些功能非常必要。近年来，研究人员开发了包括Hi-C、ChIA-PET、HiChIP技术在内的多种捕获全基因组水平染色质空间结构的测序技术，极大地丰富了我们对染色质折叠及转录调控的认识。但是这些方法存在一些各自的局限性：ChIA-PET、HiChIP及...
2018年4月5日，浙江大学基础医学院郭国骥团队在基因组学权威期刊《Genome Biology》杂志发表题为“Mapping human pluripotent stem cell differentiation pathways using high throughput single-cell RNA-sequencing ”的文章。1998年Thomson实验室首次报道从人早期囊胚中分离出...