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Computational Mining and Survey of Simple Sequence Repeats (SSRs) in Expressed Sequence Tags (ESTs) of Dicotyledonous Plants
computational mining simple sequence repeats Expressed Sequence Tags
2015/5/26
DNA markers have revolutionized the field of genetics by increasing the pace of genetic analysis. Simple sequence repeats (SSRs) are repetitions of nucleotide motifs of 1 to 5 bases and are currently ...
Computational Mining and Survey of Simple Sequence Repeats (SSRs) in Expressed Sequence Tags (ESTs) of Dicotyledonous Plants
computational mining simple sequence repeats Expressed Sequence Tags
2015/1/9
DNA markers have revolutionized the field of genetics by increasing the pace of genetic analysis. Simple sequence repeats (SSRs) are repetitions of nucleotide motifs of 1 to 5 bases and are currently ...
基于454 GS FLX高通量测序的团头鲂ESTs中微卫星特征分析
团头鲂 EST-SSR 特征
2013/10/17
微卫星或简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR)广泛存在真核生物的基因组中, 因其数量丰富、多态性高、共显性等特点[1], SSR 标记被公认为目前遗传学研究中最令人信赖的分子标记之一, 被广泛应用于动植物的遗传研究和育种实践中。其中, 表达序列标签
(Expressed Sequence Tag, EST)微卫星(EST-SSR)反映基因的编码部分, 可以为功能基因...
本项研究以雌性草鱼肠道为实验材料，采用非均一化的Oligo—dT引物定向克隆技术构建了草鱼肠道组织的
cDNA文库，对文库质量的分析结果表明：cDNA文库的库容量至少为2．3×lo5，重组率达95％ ，平均插入片断长度
大于1000bp。挑取cDNA克隆进行5’端测序，总共进行了1571个成功反应，其中l4ll条ESTs长度大于100bp，初步
拼接得到939个单基因簇(Unigene)，其...
鸡下丘脑cDNA文库的构建及部分克隆ESTs序列初步分析
鸡 下丘脑 cDNA文库 表达序列标签
2008/2/5
摘要以鸡下丘脑为实验材料，以λgt10为载体，构建了鸡下丘脑cDNA文库。结果表明，文库的滴度为3.8×106，重组率为80％，插入片段大小集中在1.0～3.0kb之间。从cDNA文库中随机挑取10个克隆，并对其ESTs进行了测定和初步分析。经BLASTn和FASTA3分析后发现，4个ESTs在鸡中已有同源序列，4个在人或其他物种中也可以找到同源序列，有两个为未知功能基因。所测10个ESTs序列均...
筛选代表小鼠植入前胚胎紧密化相关基因的ESTIdentification of ESTs of Genes Related to Compaction in Preimplantation Embryos of Mouse
植入前 紧密化 抑制消减杂交 差异表达 小鼠
2008/1/10
摘要
分别收集181及241枚昆明白小鼠8细胞早期胚胎及8细胞紧密化胚胎，采用SMART PCR方法直接合成胚胎双链cDNA。进而运用抑制消减杂交技术（SSH）对8细胞早期胚胎及8细胞紧密化胚胎的基因表达进行研究，并将所获得的差异表达产物按片段大小分段分离纯化后克隆入pUCm-T载体中，经PCR鉴定后挑选阳性克隆进行测序，筛选出27个代表8细胞早期胚胎和紧密化8细胞胚胎差别表达基因的cDNA片段...
基于比较基因组学的玉米ESTs定位方法
表达序列标签（ESTs） 比较作图 基因组 分子标记
2007/12/21
描述了以水稻基因组数据和玉米与水稻的比较遗传图谱为桥梁，基于水稻和玉米间存在的标记和序列水平上的广泛的共线性，对大量的玉米ESTs初步定位于玉米连锁群上新方法，为对ESTs开展进一步的基因组学研究和基因克隆提供参考信息。对139条玉米ESTs的定位发现，96条玉米ESTs（69%）可在水稻基因组中找到同源序列，77条ESTs（55%）可使用该策略进行定位，证实了该方法的可行性和有效性。
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